出来ないと思い込んでいたらすごく簡単に出来たのでご紹介。
操作としては、 iPhoneのホーム画面でアプリをグループ化するのと全く同じ方法 で出来ます！
Evernote公式のビデオがわかりやすかったので、ご覧ください。
キャプチャから方法をかいつまんで説明します。
グループ化したいノートブックをクリックしたままマウスを動かして、別のノートブック上で指を離します（ドラッグ＆ドロップ）。
すると、２つのノートブックがグループ化されて一つになります。
グループを２回クリックすると、中身が展開されて、グループ化した２つのノートブックが表示されます。簡単ですね！
Evernoteでは、このグループのことを スタック(Stack) と呼んでいます。
Googleなどで検索する際にはStackと打つと情報が見つけやすいと思います。